根据《中国科学院重大科技基础设施运行管理办法》，本着“明确目标、加强计划、高效运行、开放共享”的管理原则，遵从船舶行业管理特点和海洋科学考察需求，“科学”号海洋科学综合考察船采用“公管共用，专业运行”的管理模式，其运行组织构架（单元框图）如下：

　　中科院海洋所作为运行法人，设立“海洋科学考察船运行管理中心”负责“科学”号海洋科学综合考察船的运行管理，接受海洋科学考察船科技委员会和用户委员会的咨询评议。海洋科学考察船运行管理中心下辖综合业务部（大科学装置办公室）、船舶保障部和工程技术部三个处级部门分别负责设施管理、船舶保障和工程技术服务。

　　（1）海洋科学考察船科技委员会

　　“科学”号海洋科学综合考察船科技委员会，是“科学”号运行工作的科技咨询机构。对“科学”号的科学技术目标、发展方向提供科技咨询；评议“科学”号运行工作计划、运行和利用情况、重大合作计划等。

　　（2）海洋科学考察船用户委员会

　　“科学”号海洋科学综合考察船用户委员会，是“科学”号运行与利用的监督机构和用户联络机构。其主要职责是：听取用户意见，反映用户需求，监督运行和利用情况，配合研究所组织用户培训与交流，提出改进建议，推动新技术的应用与合作研究。

　　（3）海洋科学考察船运行管理中心

　　海洋科学综合考察船运行管理中心，负责“科学”号海洋科学综合考察船的专业运行与管理。其主要职责是负责海洋科学考察船的日常运行、维护和管理；制定航次计划，执行海洋科学考察船运行管理委员会审批的出海任务，负责海上探测和数据采集，高质量地完成科学考察任务；负责船舶、船载探测、船载实验、操控支撑系统以及船岸一体化网络系统等的维修维护、日常保养、年度检验以及升级改造工作；负责船员和技术队伍的人才培养、国际交流、质量、档案、信息和财务管理。海洋科学综合考察船运行管理中心下设三个处级部门，包括综合业务部（大科学装置办公室）、船舶保障部和工程技术部。